La Secretaría Técnica del Centro está compuesta por un Comité Directivo, las áreas técnica, administrativa y financiera, y los órganos de asesoría.
Tiene como función garantizar el buen funcionamiento del Centro y formular e implementar los planes aprobados por los órganos de gobernanza.
En el marco del objetivo y funciones del Centro, la Secretaría Técnica elabora planes de trabajo con la participación activa de los Núcleos Focales, tomando en cuenta las prioridades de la UNESCO y las necesidades de los países para lograr una adecuada implementación de la Convención UNESCO 2003 en la Región.
Estos planes de trabajo se realizan cada cuatro años a través de un Plan Estratégico y se reflejan en Planes Operativos Bianuales y los Planes Operativos Anuales.